Im 16. Jahrhundert wurde Montpellier zur „Hauptstadt der Botanik“, einer Disziplin, die an der medizinischen Fakultät gelehrt wurde. Im Jahr 1593 wurde der Jardin royal de Montpellier, der älteste in ganz Frankreich, von dem jungen Arzt Pierre Richer de Belleval geschaffen. Bei der Belagerung Montpelliers durch Ludwig XIII. im Jahr 1622 wurde er verwüstet und 1629 restauriert. Die größten Botaniker lösten bei seiner Leitung einander ab. Im 18. Jahrhundert wurde er von F. Boissier de Sauvages umgestaltet. Seit dem Ende des Jahrhunderts ist er für die Bürger Montpelliers geöffnet. Während des 19. und 20. Jahrhunderts erlebte er wiederholt Renaissancen und Umbauten. Er befindet sich in Staatsbesitz und wird von der Universität Montpellier I. verwaltet.